El Kajuyalí School se basa en 2 metodologías que convergen en la educación experiencial:
i) El aprendizaje basado en Fenómenos (Phenomenon Based Learning – de origen Finlandés) y ii) La orientación basada en la Aventura (Adventure-Based Learning – de origen Americano); ambos sistemas ajustadas a la Colombiana y con toda la experiencia de campo de 29 años de Kajuyalí.
Con estas metodologías, los estudiantes están siempre inmersos en aprender significativamente (lo que aprenden tiene sentido y significado para su vida), en contexto (en la realidad) y de manera experiencial (indagación y aplicación del conocimiento)